Ръководството на Националното представителство на студентските съвети в Република България е изпълнителен орган на организацията, който се избира от Общото събрание. То се формира от представители на студентските съвети на акредитираните висши училища в страната. Мандатът на ръководството е две години, като неговите членове могат да бъдат избирани за не повече от два последователни мандата.

Ръководството организира и координира текущата дейност на НПСС, изпълнява решенията на Общото събрание и представлява организацията в отношенията ѝ с държавни институции и други организации.